民办独立学院的法人性质之所以成为一个问题，是因为它具有不同于一般民办学校的基本特点，即它具有“不完全独立性”。一方面，它“应具有独立法人资格，能独立承担民事责任”，另一方面，它在教学、管理等工作中又与母体院校保持着无法割舍的实质性联系，这是一种矛盾状态。因此，我们说，民办独立学院的法人性质问题，影响着它的治理结构、行为模式、社会角色以及承担责任的方式。明确民办独立学院的法人性质，是正确使用法律，明确界定它与政府的关系，从而对它实施有效管理、规范它健康发展的重要前提。
（二）民办独立学院的法律地位和权益尚未得到确保
我国的《民办教育促进法》及其《实施条例》明确规定，“民办学校与公办学校具有同等的法律地位，国家保障民办学校的办学自主权”，“民办学校的教师、受教育者与公办学校的教师、受教育者具有同等的法律地位。”由此可见，民办独立学院及其教职工、学生的法律地位已经非常明确，现在，主要是如何确保、如何落实的问题了。在现实生活中，尚存在许多不平等、不公平的现象。如，民办独立学院与公办高校同属教育机关，民办独立学院却要作为社会团体到民政部门登记并接受其管理，而公办高校则不必；政府发文件讲级别，公办高校是局级能得到，民办独立学院没级别则得不到，往往对学校工作带来不利的影响；民办独立学院按公办高校标准为教职工交“四金”，但教职工退休后却不能享受公办高校教职工的退休待遇，以致民办独立学院很难引进专职教师，引进了也留不住；等等。
正是由于民办独立学院的法律地位和权益尚未得到确保，给民办独立学院的发展带来许多困难。
（三）针对民办独立学院出资人的政策尚未得到落实
近年来，我国教育界关于教育性质的争论一直没有停止过。曾几何时，教育产业论的呼声颇高，而现在，教育公益事业论又似乎占了上风。这种变化，使一些出资办学的企业和企业家感到困惑。其实在当前我国民营经济尚不发达、捐资办学尚缺乏社会经济基础的条件下，绝大多数民营企业出资办学都是一种投资行为，都期盼着办学会给企业带来经济效益。
《民办教育促进法》及其《实施条例》对这一问题进行了法律调适，明确了民办教育是公益性的，同时又允许出资人取得“合理回报”。这样的规定，有利于调动投资人的办学积极性。然而，对于民办独立学院的投资人来说，取得“合理回报”的余地究竟有多大？要办学，就要有一笔巨资做初始投入，要征好地、建好房、购置好设备，要高薪聘用专任教师，要建立实验室和实训基地，要购置足够的现代化教学仪器、机械、计算机和图书资料，等等。随着物价的不断上涨，现在的教育投入大大增加，教育成本大大提高，使办学积余大为减少。学校在建立初期不但没有积余，而且每年出资人都要不断投入资金才能维持学校的正常化运作。有些出资人自有资金不多，主要依靠银行融资，每年还贷付息的负担也很重。按照《实施条例》的要求，还要从结余中预留20％作为学校的发展基金。在这种情况下，许多出资人反映，“合理回报”现在只能是一句口号，只能是“画饼充饥”而已。如果此话当真，那